Fernando là con trai cả của Vua Carlos IV, mẹ là Công chúa Maria Luisa của Parma. Fernando sinh ra tại Cung điện El Escorial gần Madrid. Từ rất sớm, Fernando đã được xem là người thừa kế ngai vàng của Đế chế Tây Ban Nha, tuy nhiên bố mẹ ông và thủ tướng Manuel Godoy đã loại ông ra khỏi tất cả các quyền lực trong chính phủ.[3] Người dân Tây Ban Nha bất mãn với các chính sách của chính phủ đã gây ra một cuộc nổi loạn vào năm 1805.[3] Vào tháng 10/1807, Fernando đã bị bắt vì đồng loã với các phần tử nổi loạn trong Âm mưu El Escorial, trong đó quân nổi loạn mong muốn sự can thiệp của nước ngoài vào Tây Ban Nha, cụ thể là từ Hoàng đế Pháp Napoleon I. Khi âm mưu được phát hiện, Fernando đã bị bắt giao về cho Hoàng gia.